El Instituto de Formación Docente de Canelones se fundó en 1974 con el nombre de "Instituto Normal de Canelones", considerando que sólo preparaba alumnos para la carrera de Magisterio.
Desde sus inicios funcionó como institución oficial, no teniendo antecedente de centro privado habilitado, como otros institutos de igual categoría.
El proyecto inicial consideraba la ubicación de este centro de estudios terciarios en la localidad de Progreso, departamento de Canelones. Fue precisamente en esa localidad y en la sede de la Escuela Experimental local (hoy denominada "Otto Niemann"), donde se procedió a inscribir a los aspirantes para ejercer la docencia en esta nueva institución.
Por Ley Nacional, con fecha 06/11/1990, a inciativa de los diputados Agapo Palomeque y Nicolás Storace se lo designa con el nombre "Comenio" en alusión al pedagogo Checo "Juan Amós Comenio".